Один из основных злодеев, противостоящих спасателям, кот Толстопуз совершил побег из тюрьмы и планирует выкрасть предмет, известный как Урна фараона (Urn of the Pharaoh). Чтобы спасатели не смогли расстроить его планы, Толстопуз предпринимает серию отвлекающих действий, первым из которых становится бомба с часовым механизмом, оставленная его подручными в кафе. Чип, Дейл и вся команда отправляются обезвреживать бомбу и попутно пытаются помешать Толстопузу на его преступном поприще.

Вторая часть игры о бурундуках-спасателях отличается чётким сюжетом, многочисленными диалогами персонажей, разнообразными боссами уровней, которых следует ликвидировать с использованием уникальной тактики для каждого, и возможностью нахождения секретных мест с соревнованиями при игре вдвоём.

Боссы представлены как известными по сериалу врагами спасателей, так и разработанными специально для игры злодеями, которые встают на пути главных героев по ходу развития сюжета. Финальным боссом является робот-подобие кота Толстопуза.