Самурай Джек – один из самых величайших воинов своего времени, однажды просыпается в далеком будущем. Как оказалось, это злая шутка колдуна Аку, который решил так избавиться от Джека, чтобы уже никто не помешал его злодейским планам по уничтожению мира. Но в новом мире Джеку повезло, он обнаруживает разрушенный волшебный амулет, с помощью которого можно вернуться в свое время и помешать Аку. Воин отправляется на поиски недостающих частей амулета. Каждая частица амулета принесет Джеку новые способности и секретные приемы. В завершении опасных миссий он получит возможность вернуться домой и встретиться с Аку.