Liberty City Stories отбрасывает вас на три года в прошлое относительно событий Grand Theft Auto 3. В качестве бывалого гангстера Тони Киприани вы прибываете в город, откуда несколько лет назад вынуждены были бежать, спасаясь от полиции. Обвинение в убийстве — серьезный стимул «делать ноги». Однако Тони убивал не из собственной прихоти, а по приказу крупного мафиозного дона Сальваторе Лионе. Босс снова принял парня на работу, но спокойному выполнению обязанностей мешают тени прошлого…