Наруто Удзумаки закончил обучение в Академии Ниндзя и получил звание генина (низший ниндзя). В команде с двумя одноклассниками (Сасукэ Утиха и Сакура Харуно) и сэнсеем Ируки Умино, Наруто продолжает совершенствовать собственные навыки, чтобы успешно сдать экзамен на звание чунина (среднего ниндзя). Для этого ученики должны выполнять множество миссий, назначаемых главой деревни или джонином-наставником. Их задания могут варьироваться по сложности - начиная от поиска пропавшей кошки или работы в огороде до заказного убийства.