В Persona 4 Arena Ultimax героям из 3 и 4 частей серии вновь предстоит участвовать в чемпионате P-1 Climax, чтобы узнать, кто стоит за таинственными похищениями, а также предотвратить апокалипсис. Однако между героями и их миссией по спасению Земли стоит дьявольского вида парень Шо Миназуки. Оригинальная линейка персонажей пополнится несколькими новыми лицами, такими как: Джунепи Айори, Юкари Такеба, Рис Кудзикава и другими. Каждый герой будет иметь собственную сюжетную линию, рассказывающую о том, как они оказались вовлечены в турнир P-1 Climax. Также некоторые бойцы получат своё теневое альтер-эго — новая механика позволит значительно изменить течение боя и добавит глубины в файтинговую механику P4AU.