С тех пор, как герои первой части Lost Planet включили на планете E.D.N III климатические установки, прошло десять лет. За это время холодный мир преобразился. Быстрое таяние льдов привело к образованию в одних районах засушливых пустынь, а в других — тропических джунглей. Однако безопасной E.D.N III отнюдь не стала. Представители местной агрессивной фауны по-прежнему угрожают людям, да и среди самих колонистов единства нет.