Барт против космических мутантов - это 2D-платформер с боковой прокруткой. В игре Барт Симпсон - единственный, кто знает тайный план инопланетян (его рентгеновские очки позволяют ему выявлять инопланетян в человеческой форме), и он должен остановить их от сбора элементов, они должны строить свое "абсолютное оружие", чтобы захватить власть над миром.

Есть пять уровней, в которых Барт должен собрать или уничтожить определенное количество этих предметов (фиолетовые объекты на первом уровне, шляпы во втором, воздушные шары в третьем, знаки выхода в четвертом, и ядерные стержни в пятом).

Если Барт теряет жизнь, он говорит: "Съешь мои шорты!"Еще одна цель Bart vs. the Space Mutants - помочь Барту убедить других членов семьи Симпсонов в существовании инопланетян, чтобы они помогли ему.