Вы и есть Майкл Тортон, и только вам решать, как выполнять ту или иную задачу. Командование далеко, а вы в самом центре событий, так что право выбора — за вами. К любой цели в Alpha Protocol всегда ведет несколько путей. По ходу игры Майкл развивает свои навыки, осваивая новые техники ближнего боя, новые виды оружия, хитроумные устройства и различные умения. Взаимодействовать с врагами и союзниками можно множеством разных способов — от вашего поведения зависит развитие сюжета. Кроме того, поступки Тортона определяют, какие задания и виды оружия будут открыты, и какие союзники у него появятся.